Prvním krokem k osídlení bylo založení benediktinského kláštera moravskými přemyslovskými knížaty Oldřichem Brněnským a Litoldem Znojemským mezi lety 1101 až 1104 na ostrohu nad řekou Jihlavou. V první polovině 13. století bylo pravděpodobně rozhodnuto o přestavbě dřevěného klášterního areálu do kamenné podoby. Tak vznikl na místě opatského chrámu klášterní kostel Nanebevzetí Panny Marie, od druhé poloviny 17. století nazývaný bazilika sv. Prokopa, dnes jedna z dvojice památek zapsaných v seznamu UNESCO. Pod klášterem vznikla tržní osada, kam přicházeli z širokého okolí obchodníci a řemeslníci.
Za vlády Přemysla Otakara II. založil v poslední třetině 13. století lokátor Heřman kolonizační město Třebíč na pravém břehu řeky Jihlavy. První písemná zpráva opata Martina o městě pochází z roku 1277. Někdy v této době již sem přicházeli Židé, ti se usazovali na levém břehu řeky Jihlavy, kde během staletí vytvořili silnou židovskou komunitu, která se stala neodmyslitelnou součástí města.